El Monasterio de Yuso destaca por sus grandes dimensiones. Es el fruto de la actividad arquitectónica de varios siglos (fundado en el siglo XI, fue reconstruido en los siglos XVI,XVII y XVIII) y en él se conjugan, sin contraponerse, diferentes estilos (renacentista, barroco ...). Además, el edificio alberga abundantes obras de arte: tan sólo en el Museo hay un elevadísimo número de cuadros, pinturas de los siglos XVII, XVIII y XIX, fundamentalmente, entre las que destacan unos veintidós lienzos de Juan de Rizzi (considerado el mejor de los pintores claustrales españoles); así como importantes cobres del siglo XVII.

De gran calidad es también la reja, realizada en 1676, que cierra el coro bajo de la iglesia, lo mismo que la escultura, de la que tenemos buena muestra en el trascoro rococó, que contiene ocho tallas de la mejor imaginería española. En esta misma zona de la iglesia se encuentra una de las joyas del monasterio: un púlpito de nogal, que parece ser de finales del siglo XVI y es una de las mejores gubias españolas. Otra de las joyas son las valiosas arquetas de oro y marfil, hechas en la segunda mitad del siglo XI, que contienen las reliquias de San Millán y son únicas en Europa.

De especial interés es el conjunto formado por la Biblioteca y el Archivo, que pueden ser considerados entre los mejores de la España monasterial. El Archivo medieval consta, fundamentalmente, de dos cartularios (el Galicano y el Bulario) y de unos trescientos documentos originales. La Biblioteca se conserva tal como quedó definitivamente amueblada a finales del siglo XVIII (no hay, intencionadamente, luz eléctrica, por ejemplo). Su verdadero valor e interés radica, no tanto en su número - más de diez mil -, como en los ejemplares raros que conserva. Una de estas rarezas bibliográficas es el Evangelario de Jerónimo Nadal, impreso en Amberes en 1595 y si raro es poseer un ejemplar de esta edición príncipe, más raro es que todas las láminas estén policromadas, una a una. Especialmente luminoso fue el descubrimiento de la Summa Casuum de Bartholomeus de Sancto Concordio, un incunable en perfecto estado, editado antes de 1475 y del que sólo se conservan cinco ejemplares en el mundo.