Los orígenes del Monasterio de Suso hay que explicarlos necesariamente a partir de la vida del santo Millán. Es el santo el que da nombre al valle y al pueblo, a las devociones y al monasterio. Millán vivió como un anacoreta en unas cuevas, donde hoy está el monasterio, en las que fue también enterrado en el año 574. 

Con la vida eremítica de San Millán se inaugura la historia de Suso. La evolución del tipo de religiosidad existente en cada una de las diferentes etapas de su cronología (eremítica, cenobítica y monástica) corre pareja a las diferentes transformaciones constructivas que el edificio experimenta (cuevas, cenobio visigótico, monasterio mozárabe y ampliaciones del románico).

Este cruce de diversas culturas se aprecia claramente en la actualidad, ya que se pueden diferenciar las cuevas del edificio que aparece adosado a la roca, donde se distingue la iglesia de dos naves de cinco tramos, elementos arquitectónicos del primitivo edificio visigótico del siglo VI y pórtico de acceso mozárabe del siglo X.

Tras la muerte de Millán, en torno a su sepulcro se crea una primera comunidad de presbíteros. Esto significa un primer cambio en el tipo de vida iniciada con el santo: se pasa de la vida eremítica a la vida cenobítica. Ahora hay ya cierta organización, ya se puede hablar de vida en común. Cada eremita vive en su cueva y una vez por semana se reúnen en el nuevo edificio, en el cenobio.

Sin serlo todavía oficialmente, el pueblo ha hecho santo a Millán. Aquí se encuentra el germen del surgimiento del Monasterio de San Millán. La afluencia de peregrinos al sepulcro de San Millán es desde entonces continua. A partir de ese momento el monasterio de San Millán de Suso va creciendo en importancia. Entonces un monasterio no se correspondía con lo que hoy entendemos como tal: eran centros de organización, por supuesto, religiosa, pero también económica, cultural, sociológica e, incluso, política.

Destacaba ya Suso desde sus comienzos, en el aspecto cultural, por su flamante escritorio, del que salió una buena y rica colección de manuscritos y códices, entre los que destacan el Códice Emilianense de los Concilios, datado en 992; la Biblia de Quiso, que lleva data del 664, o una copia del Apocalipsis, de Beato de Liébana y con la letra del siglo VIII, lo que le hace ser uno de los principales escritorios, si no el más notable, de la Edad Media Española. Nos encontramos en el período tal vez de mayor esplendor del monasterio. Es el marco en el que va a surgir la que hoy es la más antigua manifestación escrita de la Lengua Española.A mediados del siglo XI el rey García Sánchez mandó construir en Nájera el monasterio de Santa María la Real. Tanto al rey como al obispo y a los nobles les pareció conveniente que las reliquias de San Millán fueran trasladadas a dicha iglesia. La Crónica Najerense cuenta que, al ir el rey a realizar su propósito, ocurrió lo inesperado: una vez cargados los restos del santo sobre un carruaje tirado por bueyes y cuando la comitiva había bajado al valle, los animales se pararon y no hubo fuerza humana que los hiciera avanzar ni retroceder.

El rey entendió que esto era un aviso del cielo y decidió construir un nuevo monasterio sobre el lugar donde se habían detenido los animales: el Monasterio de San Millán de Yuso. Con el fin de diferenciar los dos monasterios, al de la parte baja del Valle se le va a llamar San Millán de Yuso ( del latín deorsum, que significa ‘abajo’) y al de la parte alta, San Millán de Suso ( del latín sursum ‘arriba’).