El 8 de octubre de 1998, en el Salón del Milenario del monasterio de Yuso, en un acto presidido por Su Alteza Real el Príncipe de Asturias, quedó constituida la Fundación San Millán de la Cogolla.

Firmaron como miembros fundadores, D. Luis Ángel Alegre Galilea, en su calidad de Consejero de Educación, Cultura, Juventud y Deportes, en nombre y representación de la Comunidad Autónoma de La Rioja; D. Fernando Beltrán Aparicio, en su calidad de Presidente de la Fundación Caja Rioja y D. Mauricio- José Gil de Muro Quiñones, en nombre y representación de Ibercaja Obra Social y Cultural; quienes, asimismo, aprobaron los Estatutos.

A continuación, el notario D. Antonio Ruiz- Clavijo Laencina leyó un extracto de la Carta Fundacional para terminar comunicando que Su Alteza Real el Príncipe de Asturias había aceptado la Presidencia de Honor de la Fundación.

Todos los patronos, uno a uno, aceptaron el cargo utilizando la fórmula siguiente: "Acepto los Estatutos de la Fundación San Millán de la Cogolla aprobados hoy, 8 de octubre de 1998, en el Monasterio de Yuso y los compromisos que me corresponden como patrono recogidos en su artículo 28".

D. Ángel Martín Municio, Director de la Real Academia de Ciencias y miembro de la Real Academia Española, explicó, en nombre del Patronato, en qué consiste la Fundación y qué puede esperarse de ella.

El Presidente del Gobierno de La Rioja, D. Pedro Sanz Alonso, apuntó en su discurso los principales objetivos de la Institución, objetivos que han de lograr convertir a San Millán en uno de los principales centros de cultura y de visita de valor universal.

Acabada su intervención, Pedro Sanz impuso al Príncipe su medalla como Presidente de Honor. Con su intervención, D. Felipe de Borbón cerró el acto y selló un compromiso sincero: "Que San Millán de la Cogolla logre añadir a su legítimo título de cuna de la lengua española el de atalaya de nuestra cultura es un reto de gran calado al que desde mi papel como Presidente de Honor de la Fundación, contribuiré sin ahorrar esfuerzos".

Como colofón, y en la Biblioteca monástica Don Felipe colocó la medalla de la Fundación a los patronos asistentes.