El Patronato es el órgano supremo de la Fundación, responsable de su gobierno, administración y representación y estará integrado por un mínimo de 25 miembros y un máximo de 35. El acto de constitución de San Millán refrendó a 29 de ellos, entre los que se encuentran los representantes de las diversas comunidades autónomas, que pasarán por este organismo de manera rotativa anualmente. La escritura fundacional explicita los patronos que lo son "ex oficio", los que son "no vinculados puesto" y quienes lo son "a título personal". En caso de que se produzca alguna vacante entre estos últimos, sus puestos serán cubiertos por las personas que designen a tal efecto los restantes patronos.

La composición del Patronato es la siguiente:

Presidente de Honor

Su Alteza Real, el Príncipe de Asturias, D. Felipe de Borbón y Grecia.

Patronos "ex-oficio"

• D. Pedro Sanz Alonso, Presidente del Gobierno de La Rioja.

• D. Miguel Ángel Moratinos, Ministro de Asuntos Exteriores.

• D. César Antonio Molina, Ministro de Cultura y Deporte.

• Dª. Mercedes Cabrera, Ministra de Educación.

• D. Koichiro Matsuura, Director General de la UNESCO.

• D. Luis Ángel Alegre Galilea, Consejero de Educación, Cultura, Juventud y Deportes de La Rioja.

• Dª. Aránzazu Vallejo Fernández, Consejera de Turismo, Medio Ambiente y Política Territorial de La Rioja.

• D. Antonino Burgos Navajas, Consejero de Vivienda, Obras Públicas y Transportes de La Rioja.

• Dª. Carmen Caffarel, Directora del Instituto Cervantes.

• D. Víctor García de la Concha, Director de la Real Academia Española.

• D. Gonzalo Anes y Álvarez de Castrillón, Director de la Real Academia de la Historia.

• D. Humberto López Morales, Secretario de la Asociación de Academias de la Lengua Española.

• D. Ramón González Amezua y Noriega, Director de la Real Academia de Bellas Artes.

• D. José Jiménez Jiménez, Director General de Bellas Artes y Bienes Culturales del Ministerio Cultura y Deporte.

• D. Javier García Turza, Director General de Cultura de La Rioja.

• D. José Martínez de Pisón, Rector Magnífico de la Universidad de La Rioja.

• D. Juan Ángel Nieto Viguera, Prior del Monasterio de Yuso.

• Dª. Pilar Mendoza, Alcaldesa-Presidenta del Ayuntamiento de San Millán de la Cogolla.

• Dª. Mª Rosa Suárez-Inclán Ducassi, Presidenta de ICOMOS-C.N.E.D.

• D. José Miguel Delgado Idarreta, Director del Instituto de Estudios Riojanos.

• D. Santiago Coello, Presidente de la Asociación de Amigos de San Millán.

Patronos "no vinculados a puesto"

• D. Fernando Beltrán Aparicio, Presidente de la Fundación Caja Rioja.

• D. Mauricio-José Gil de Muro y Quiñones, Patrono Fundador de Ibercaja.

• D. Yitzhak Navon, Ex-presidente de Israel , representando a la Comunidad Sefardí.

Patronos "a título personal"

• Dª. Carmen Iglesias Cano, de las Reales Academias de la Lengua y de la Historia.

• Dª Esther Koplowitz, Consejera Delegada de FCC.

• D. Ignacio Galán, Presidente de Iberdrola.

• D. Rafael Spottorno, Gerente de Fundación Caja Madrid.

Consejo Rector

El Consejo Rector es el órgano de gestión ordinaria de la Fundación y de ejecución de las decisiones del Patronato. Su Presidente, Vicepresidentes y Secretario serán los mismos que los del Patronato; los restantes miembros del Consejo Rector serán patronos designados por el Patronato, ejercerán su cargo por un período de seis años y podrán ser reelegidos una o varias veces.

Presidente

• D. Pedro Sanz Alonso, Presidente del Gobierno de La Rioja

Vicepresidente Primero

• D. Luis Ángel Alegre Galilea, Consejero de Educación, Cultura, y Deporte

Vicepresidente Segundo

• D. Javier García Turza, Director General de Cultura

Secretario

• Rev. P. D. Juan Ángel Nieto Viguera, Prior del Monasterio de Yuso.

Vocales

• D. Koichiro Matsuura, Director General de la U.N.E.S.C.O.

• Dª. Aránzazu Vallejo, Consejera de Turismo, Medio Ambiente y Política Territorial.

• D. José Jiménez Jiménez, Director General de Bellas Artes y Bienes Culturales

• D. Fernando Beltrán Aparicio, Presidente de la Fundación Caja Rioja

• D. José Gil de Muro Quiñones, de Ibercaja Obra Social y Cultural

La Coordinadora General de la Fundación es Dª Almudena Martínez Martínez