La grandeza de la Biblioteca Emilianense se debe más al mérito de algunas obras que en ella se guardan que al número de volúmenes que contiene. La sala destinada para biblioteca y su artística estantería no admite más de diez mil volúmenes. Los monjes que habían cursado estudios especiales para obtener grados académicos tenían su librería particular.

En los últimos decenios del siglo XII y los primeros del XIII se produce en muchos monasterios, entre ellos San Millán, una intensa labor de copia de los más importantes manuscritos guardados en la biblioteca, especialmente los de vidas de santos, Biblias y textos históricos de todo tipo. Al mismo tiempo, surgió otra situación: en los centros dependientes del cenobio emilianense (que cada vez contaba con más posesiones) la conservación de códices antiguos no ofrecía especiales alicientes, por lo que, en más de una ocasión, fueron remitidos probablemente a San Millán para incorporarlos a la Biblioteca central.

Desde el año 1835, en el que tuvieron que abandonar el monasterio los monjes benedictinos, hasta el 1878, en el que se instalaron los Agustinos Recoletos, fueron numerosos los saqueos y despojos de que fue víctima el cenobio. Por lo tanto, cuando llegaron los Agustinos, la Biblioteca estaba prácticamente vacía. Los Agustinos fueron recobrando muchos libros que habían desaparecido y hoy en día la Biblioteca, aunque no está tan completa como antes, posee una verdadera riqueza de libros antiguos.

Desde la Fundación San Millán de la Cogolla se ha pretendido realizar un esfuerzo para poner a disposición de todo el público esta gran maravilla que es la Biblioteca del Monasterio de San Millán. Inicialamente se han escogido los libros más emblemáticos y se han digitalizado por un equipo de profesionales. Este trabajo ha supuesto un esfuerzo muy grande pero una vez visto el resultado, creemos que ha merecido la pena. Confiamos que esta sección sea de su agrado.